Nach Angaben der Food and Drug Administration (FDA) sind Fischölmengen bis 3,5 g pro Tag sicher. Höhere Dosen müssen in jedem Fall von einem Arzt verordnet werden. Bei Mengen unter 3 Gramm sollten keine Nebenwirkungen auftreten.
Bei Mengen über 20 g pro Tag können Völlegefühl, Übelkeit, Blähungen und Durchfall auftreten. Fischölkapseln von schlechter Qualität können zu Aufstoßen mit einem fischigen Beigeschmack führen.
In wenigen Fällen wurden durch die Einnahme von EPA und DHA die Blutzuckerwerte erhöht.
In einigen Fällen führte die Einnahme höherer Dosen EPA und DHA zu vorübergehendem Nasenbluten.
Personen mit Beschwerden an der Bauchspeicheldrüse sollten sich fettreduziert ernähren.
Wie in einer amerikanischen Studie festgestellt wurde, scheint bei einer Diät, die reich an Omega-3- und arm an Omega-6-Fettsäuren ist, das Risiko, an einem Glaukom (Grüner Star) zu erkranken, erhöht zu sein. Zur Sicherstellung dieses Befunds sind weitere Studien nötig. Hierbei könnte sich die durch Omega-3 erhöhte Elastizität der Gefäße als negativ erweisen. Nach neueren Erkenntnissen ist das Glaukom vielmehr eine Gefäßerkrankung als eine reine Erhöhung des Augeninnendrucks.